机械女神J：22世紀末因地球人口爆炸，故有許多航向宇宙準備開拓新的生存環境的太空船，其中一艘名為「美索不達米亞號」（メソポタミア号）的太空船於接近名為「堤拉茲」（テラツー）的星球時發生爆炸，毀滅前將載有六位男性人類的小艇拋出並降落於堤拉茲。因為沒有女性人類，經過這六人的努力，運用複製人的技術增加人口並建設都市，經過三百年堤拉茲星球已是一片繁榮，共有六個國家。雖然有複製人技術，但沒有辦法複製出人類女性，故以人類女性為外型，製作出以機械為底的人偶（マリオネット），以代替昔日人類女性從事家務，並且用以當作苦力幫忙背負貨物，甚至作為軍隊用以侵略或保衛領土，而人偶是沒有思考能力，僅具備簡單的基本指令動作。居住在六個國家之一「日本城」（ジャポネス）的少年間宮小樽與三位具有「少女迴路」的機械人偶萊姆、櫻桃、紅莓之相遇，改變了堤拉茲星球的未來。